Alors que l'azote, le carbone et le phosphore sont éliminés à 85% par les stations d'épuration, de nombreux micropolluants passent encore à travers les mailles du filet. Résultat des activités humaines, les pesticides, métaux, détergents ou encore substances médicamenteuses polluent les écosystèmes et menacent la santé humaine.

Les études concernant les substances appelées micropolluants étant encore peu nombreuses, le programme AMPERES a été mis en place. A l'initiative de Suez Environnement et le Cemagref (Institut de recherche pour l'ingénierie de l'agriculture et de l'environnement), ce projet vise à mesurer la composition en micropolluants des eaux usées et traitées en puis à évaluer la capacité d'élimination d'une centaine de substances suivant les différents procédés existants, à savoir entre autres les boues, la bio filtration, ou le bioréacteur. Entre 2006 et 2009, 21 stations d'épuration ont été passées à la loupe.

Trois ans après, les résultats de ce programme sont globalement positifs, mais ils pointent du doigt certains faits. En effet, les stations d'épuration sont d'abord conçues pour éliminer l'azote le phosphore et le carbone, substances dites « prioritaires ». Elles remplissent cette mission à 85%. 35% des autres substances rejetées sont arrêtées, parmi elles les substances absorbables (retenues dans les boues), telles que certains plastifiants ou métaux ou encore les substances biodégradables comme l'aspirine ou le paracétamol. En revanche, le programme AMPERES a mis en évidence une vingtaine d'autres substances qui ne sont pas affectées par le procédé biologique, et restent présentes à 70% en sortie de station d'épuration. C'est le cas de certains pesticides, métaux ou encore produits pharmaceutiques.

Finalement, ce sont 15 % des substances prioritaires, 30 % des molécules organiques et 90 % des substances pharmaceutiques qui ne sont pas éliminées après le traitement conventionnel. Ce chiffre alarmant associé aux médicaments est dû à l'importante concentration de ces substances, mais aussi à leurs propriétés chimiques, qui ne facilitent pas leur élimination. Elles peuvent avoir des conséquences, notamment sur la vie aquatique (féminisation des poissons par exemple). Ainsi, le programme met en évidence la nécessité de mettre en place des traitements tertiaires afin que les rejets n'aient « quasiment plus d'incidence sur le milieu aquatique", d'après Marina Coquery, coordinatrice du programme.

Certes, les stations d'épuration remplissent plutôt bien leur rôle initial en éliminant les substances prioritaires. Seulement, si l'activité humaine rejette toujours plus de micropolluants, il leur sera de plus en plus difficile de s'adapter...